Juan Fernando López Aguilar ha exigido en la Eurocámara un mayor apoyo moral, jurídico y político para las organizaciones no gubernamentales que se encuentran en riesgo de persecución. Dentro del debate sobre el instrumento de defensa de los valores europeos para apoyar a las organizaciones de la sociedad civil que promueven la democracia, el Estado de Derecho y los valores fundamentales de la Unión Europea, López Aguilar ha señalado que “hace tiempo que valores esenciales de la construcción europea no pueden darse por sentados” y que “la democracia no sólo exige instituciones fuertes”, sino “sociedad civil y organizaciones no gubernamentales capaces de sostenerse ante cualquier riesgo”.